Color de los átomos
Por defecto los átomos de las moléculas sigue la normativa estándar CPK dónde cada átomo tiene un color predeterminado; así, el Carbono aparece gris, el hidrógeno blanco, el nitrógeno azul, el oxígeno rojo, el azufre amarillo, etc.
Es posible cambiar el color de los átomos utilizándo los siguientes parámetros:
1.                                                         script="select *; color atoms (red, green,...)"
donde  select * seleccionan todos los átomos de la molécula y color atoms (red, green,...) selecciona el color
EJEMPLO:
 <embed src="eteno.pdb" height=200 width=200  display3D=ball&stick script="select *; color atoms red">
2.                                              script=" select *.C; color atoms blue; select *.H; color atoms green"
donde  select *.C; color atoms blue seleccionan todos los átomos de C la molécula en azul y  select *.H; color atoms green) seleccionan todos los átomos de H la molécula en verde
EJEMPLO:
 <embed src="eteno.pdb" height=200 width=200  display3D=ball&stick script=" select *.C; color atoms blue; select *.H; color atoms green">